Stan Sakai begann seine Karriere als Letterer von Heftchencomics. Gleichzeitig schrieb und zeichnete er The Adventures of Nilson Groundthumper and Hermy, einer im Mittelalter angesiedelten Serie im Stil von Sergio Aragonés’ Groo the Wanderer. Nilson Groundthumper war eine Figur in Hasengestalt, deren Abenteuer ursprünglich 1984 in Albedo #1 und später in Critters, Grimjack, Amazing Heroes und Furrlough veröffentlicht wurden.

Den Durchbruch schaffte Sakai mit Usagi Yojimbo [wörtlich „Leibwächter Hase“], der epischen Saga um Miyamoto Usagi, einen Hasen-Samurai, der in einem dem feudalen Japan des späten 16ten und frühen 17ten Jahrhunderts nachempfundenen Setting agiert. Seit seinem Erscheinen im Jahr 1984 ist Sakai der alleinige Autor von Usagi und praktisch auch der einzige Zeichner der Serie. [Tom Luth fungiert als Sakais Chefkolorist; und Sergio Aragonés hat zwei kleinere Beiträge zu Usagi beigesteuert: „Broken Ritual“ (dt. „Unterbrochenes Ritual“ in Usagi Yojimbo #07) basiert auf einer Aragonés-Idee; außerdem hat sich Aragonés als Gast-Inker der Schwarzweißfassung von „Return to Adachi Plain“ betätigt.] Sakai hat weiterhin den in der Zukunft spielenden Usagi-Spin-off Space Usagi geschaffen. Das Japanese American National Museum in Little Tokyo, einem Stadtteil von Los Angeles, zeigte vom 9. Juli bin zum 30. Oktober 2011 die Ausstellung „Year of the Rabbit: Stan Sakai’s Usagi Yojimbo“.

 Sakai schrieb und zeichnete „I’m Not in Springfield Anymore!“ für Bart Simpson’s Treehouse of Horror #7 [dt. „Ich bin nicht mehr in Springfield!“ in Bart Simpsons Horrorshow #3] und zeichnete das Backcover für Treehouse of Horror #6.

2013 war Sakai der Zeichner der sich über fünf Hefte erstreckenden Miniserie 47 Ronin, einer Adaption des Chūshingura-Stoffs, die von Dark-Horse-Verleger Mike Richardson unter Konsultation des Kozure Ōkami-Autors Kazuo Koike verfasst worden war.